Το Π.Μ.Σ. μπορεί να χορηγεί υποτροφίες και βραβεία σε μεταπτυχιακούς φοιτητές με βάση τις επιδόσεις τους στα μαθήματα και στη διπλωματική εργασία.
Με εισήγηση της Συντονιστικής Επιτροπής και απόφαση της Συνέλευσης ορίζονται ανά εξάμηνο το πλήθος και το ύψος των υποτροφιών που χορηγούνται στους μεταπτυχιακούς φοιτητές.
Για τον καθορισμό του πλήθους των υποτροφιών, η Συνέλευση συνεκτιμά τη δυνατότητα χρηματοδότησής τους από τον προϋπολογισμό του Π.Μ.Σ.
Προϋπόθεση για τη διεκδίκηση υποτροφίας από μεταπτυχιακό φοιτητή είναι να έχει ολοκληρώσει επιτυχώς το σύνολο των υποχρεώσεων του προηγούμενου εξαμήνου.
Η ανάληψη υποτροφίας μπορεί να συνεπάγεται την ανάθεση επικουρικού ερευνητικού ή διδακτικού έργου στους υποτρόφους, όπως η διδασκαλία φροντιστηριακών ή εργαστηριακών ασκήσεων στους προπτυχιακούς φοιτητές ή άλλο εκπαιδευτικό/ερευνητικό έργο που θα προσδιορίσει η Συνέλευση.
Στους φοιτητές του Π.Μ.Σ. που έχουν αριστεύσει στη διπλωματική εργασία χορηγούνται βραβεία, τα οποία δεν έχουν οικονομικό περιεχόμενο.